Innerhalb der AFK koordinieren Arbeitskreise fachlich orientierte Diskurse und organisieren Tagungen und Workshops, wobei insbesondere die Forschungsinteressen der AFK-Mitglieder berücksichtigt werden.
Derzeit ist die Mitarbeit in folgenden Arbeitskreisen (AKs) möglich:
1. AK Curriculum und Didaktik
2. AK Friedenspädagogik
3. AK Historische Friedens- und Konfliktforschung
4. AK Kultur und Religion
5. AK Junge WissenschaftlerInnen der AFK
6. AK Wissenschaft und Praxis
7. AK Natur – Ressourcen – Konflikte
8. AK Herrschaftskritische Friedensforschung
9. AK Theorie
10. AK Methoden
11. AK Rüstungs(export)kontrolle
